Ein Unternehmensteil der Malteser in Deutschland sind die Malteser Werke. Sie motivieren und unterstützen Menschen dabei, ihre eigenen Stärken und Talente zu erkennen, Lebensperspektiven zu entwickeln und Verantwortung für sich selbst zu übernehmen. So leiten die Malteser Werke seit 1989 Einrichtungen und Hilfen in den Bereichen Migration, Jugend, Schule und Soziales. 2007 war das  St.-Bernhard-Gymnasium die erste Schule in der Trägerschaft der Malteser Werke. Umfassende Bildung darf kein Luxus sein, deshalb liegt neben dem Bildungsauftrag ein Schwerpunkt in der Wertevermittlung und der Förderung sozialer Kompetenz, entsprechend des Claims der Malteser: ...weil Nähe zählt!

Die Malteser Werke haben drei Schulen in ihre Trägerschaft übernommen, siehe hier. Zudem verantworten sie sechs Ganztagsbetreuungen und eine Übermittagsbetreuung. Zu den festen Einrichtungen kommen verschiedene Programmangebote für Schulen hinzu: z.B. bündelt das seit 2008 von den Malteser Werken entwickelte Programm "Schule atmosfairisch" die verschiedenen Angebote für eine gute Schulatmosphäre und damit für ein erfolgreiches Lernumfeld. Ziel der Malteser Werke ist es, ihr Engagement im Schulbereich in den nächsten Jahren kontinuierlich auszubauen.